针对Omicron（BA.1）的毒力、致病性、传染性等参数，吃了几口不太熟的瓜。总结总结就是：
Omicron（BA.1）的内生毒力（以入院风险计）比Delta低30%左右；
Omicron（BA.1）的内生毒力（以入院风险计）强于原始株，也强于直接祖先B.1.1，甚至略强于同属B.1.1子毒株的Alpha；
Omicron（BA.1）病死率和重症风险减低的原因，主要是疫苗接种和既往感染史，而不是内生毒力转变；Omicron（BA.1）在肺部复制效率降低的原因，主要是组织嗜性转变，因此不能只凭肺嗜性来评估致病性；
Omicron（BA.1）内生传染性（以R0计）和Delta相仿；
Omicron（BA.1）相对Delta更有传播优势的原因，主要是免疫逃逸能力和代际间隔。
说实话，吃生瓜这种事儿，咱还真不是太拿手，所以当时的心情是略为忐忑的，毕竟上述某些说法，和市面上的主流论调完全相悖~特别是“内生毒力强于原始株/B.1.1/Alpha”这一条，说是冒天下之大不韪也不为过~
并且吧，由于全球范围的集体拉胯，Omicron的内生毒力，迟迟没法拿到实锤~虽然关于Omicron入院风险、重症风险、病死率等方面的研究可以说多如牛毛了已经，但由于某些众所周知的拉胯原因，绝大多数这类研究都没有好好地控制既往感染史，也不可能控制既往感染史，所以在这种情况下，Omicron的毒力必然是被显著低估的~直到……香港也跟着拉胯了。
长话短说，随着香港第五波疫情熬过高峰期，港大的总结性paper终于低调登场了，关于Omicron内生毒力的实锤，似乎终于可以落地了。
——请品鉴：
标题翻译成人话：新冠病毒Omicron BA.2子毒株在香港的感染流行病学研究，2022年1-3月
虽然还只是新鲜出炉的预印本状态，但有港大梁老师和Cowling老师等各位大佬坐镇，想必数据质量是有保障的。
至于为啥咱对之前多如牛毛的那些研究看都不看，偏偏要拿港大这个预印本说事儿呢？原因很简单，在第五波之前：
香港是全球极少有的，全民几乎没有感染过新冠病毒的处女地；同时，香港还拥有不少未接种人口。
所以咯，香港的Omicron毒力/致病性数据，是截至目前独一无二的，几乎不受既往感染史污染的数据，所以也就是最接近病原体内生状态的数据。
（当然了，还是有一丢丢不足……短命的BA.1消失得实在太快，香港给出来的，已然是以BA.2.2为主的数据~）
——总之，请品鉴：
红框部分翻译成人话：
虽然Omicron在动物模型实验中表现出了更低的致病性，并且在南非以及其他地区表现出了更低的重症风险，但是，我们发现在香港第五波的早期阶段，Omicron在未接种疫苗的人群中造成了与之前几波相仿的病死率。因此BA.2的内生重症风险也许并没有显著低于原始株，或者完全不低于原始株。
总结总结啊，
梁老师他们一步到位，直接用了实锤程度最高的病死率来表征BA.2的内生毒力；
至于为啥只用“第五波早期阶段”的病死率？因为香港第五波早期阶段的确诊门槛和前面四波完全一致。但由于疫情糜烂，检测能力所限，第五波中后期的确诊门槛有所拔高，因此可能会影响病死率；
所谓的“前四波”，详见下图，以Alpha为主，也包括其他早期毒株（见下图）；
梁老师他们还提到，第五波早期阶段除了BA.2.2之外，还夹杂了少量的Delta（详见：《香港，仓鼠的末路》），所以Omicron的病死率可能有少量高估；
不过梁老师他们没提到的是，前四波除了原始株和Alpha之外，也夹杂了少量的Beta和Mu，所以病死率可能也有少许高估。
——总之，前四波大概是这么个造型，请品鉴：
——第五波则是这么个造型，请再品鉴：
重申一句，为了避免不受控爆发期对病死率的影响，梁老师他们只选取了红框部分的死亡人数，作为Omicron代表队出面和前面四波PK。
——最后结果，请品鉴（可能需要点开大图）：
以上绿色数字和黄色数字，分别是前四波的病死率和第五波未完全接种病例的病死率（已根据年龄分层）。所以在没有既往感染史和疫苗拉偏架的情况下，
第五波的病死率，在六个年龄组当中的三个都高于前四波。
并且吧，严格来说第五波的病死率，还是被疫苗拉了一点偏架。毕竟梁老师他们只排除了“完全接种”的病例，而在第五波早期，香港还有全人口7%左右已经部分接种，这7%的第一针，显然也能降低一丢丢病死率~
——总之，咱换个角度品鉴：
以上纵轴是病死率，横轴是年龄分层；
蓝色圆点=前四波死亡病例、红色三角形=第五波未完全接种的死亡病例，绿色菱形=第五波已完全接种死亡病例。
——所以显而易见，最终结果正如咱1月初抢跑的一样：
惊不惊喜意不意外？
并且吧，以上结果的焦虑之处就在于，我们已经知道，Omicron它真的有好几项可能导致减毒的机制，
比如更低的肺嗜性，比如更低的FCS酶切效率，再比如更低的合胞效率。
可是梁老师带给咱们的最终实锤结论却是：
这玩意儿内生毒力跟原始株/Alpha打成平手（实际上还略高一丢丢）……
那么它到底靠什么咱们不知道的机制弥补回了毒力？（卖个关子，过两天详细八卦）
最后，梁老师他们这个预印本的主要卖点，其实并不是香港第五波早期阶段的病死率，
——而是这个：
翻译成人话：BA.1的中位数序列间隔3.15天、中位数代际间隔2.38天；BA.2的中位数序列间隔2.17天（代际间隔没算出来）。
——作为对比：
在2021年5月份广州疫情期间，Delta的中位数代际间隔和序列间隔都是3天~
病毒知多少？一文了解Omicron新变种：Omicron XE
加拿大卫生官正在跟踪一种新的Omicron亚变种——Omicron XE。
Omicron XE是先前COVID-19亚变种的混合体。这一类的“重组”亚谱系包含来自两种或更多不同病毒的遗传物质，并不新鲜。但由于有社区传播的证据，这一特殊的亚谱系引起了一些关注。
自从南非科学家在四个多月前首次发现Omicron以来，他已经进化出多个亚变种，其中包括在加拿大和世界其他地方传播的BA.2。
以下是我们目前为止对XE子变种的了解：
XE子变种是什么？
它是由在加拿大冬季假期和一月份掀起第五波大流行的BA.1和掀起第6次浪潮的BA.2重组而成。根据英国卫生安全局(UKHSA)4月8日发布的一份技术简报，截至4月5日，英国已有1125例XE病例。
根据英国的报告，除了BA.1和BA.2的突变外，XE还包含三种突变，这些突变并未存在于BA.1和BA.2的所有序列中。
重组变异常见吗？
“重组变异并不罕见，特别是当有几种” 变体在流通时，”英国健康协会首席医疗顾问Dr. Susan Hopkins在3月25日的一份声明中说。
“迄今为止，在大流行过程中已经确定了几种。与其他种类的变异一样，大多数会相对较快地死亡。”
此前，英国还确认了Delta和OmicronBA.1组合的XD和XF等其他组合。
XE的传播性怎么样？
世界卫生组织的技术负责人Maria Van Kerkhove博士在一段视频问答简报中说，根据对现有序列的早期分析，XE的传播率大概增加10%左右。但，Van Kerkhove表示，将其传播能力描述为10倍以上的报道是不正确的。
英国卫生机构表示，XE平均每周增长12.6%，高于BA.2，但指出，在过去三周，增长速度增加到20.9%。
世卫组织将XE归类于Omicron，这是一个值得关注的变体。该机构补充说，亚变异和重组形式应该作为不同的血统由公共卫生当局监测。
加拿大公共卫生局(PHAC)表示，他们正在积极监测COVID-19变体，并评估新的Omicron亚系和类似于XE这样的重组变种。
哪里出现了XE病例？
PHAC表示，截至4月14日，在2022年3月22日的边境监测中发现的一例XE亚型已在加拿大得到确认。
此前，PHAC曾怀疑另外5例可能是XE的病例，但经过进一步调查，已经确认他们不是XE病例，但鉴于病毒正在自行重组，所以这些病例尚未确定感染了哪种变种。
可以明确的是，目前除了XE之外，全球还在跟踪另外几个COVID-19重组变种，考虑到elta和Omicron变体的重叠以及Omicron的BA.1和BA.2亚系的共同流通，这并不是一件奇怪的事情。
根据英国卫生机构的报告，在英国，大多数病例集中在英格兰东部、伦敦和东南部，1月19日发现了首例病例。
此外，根据各媒体报道，印度、日本等国家也发现了XE病例。
疫苗还有效吗？
虽然科学家们仍在进一步了解XE和其他亚系，但研究和现实世界的数据表明，疫苗可以继续提供对严重疾病的保护，特别是在注射加强针后。
世卫组织的Van Kerkhove说:“我们需要确保，当轮到你接种疫苗时，你会收到你需要的完整疗程的剂量。”特别是那些最脆弱的人，老年人，有潜在疾病的人，以及前线工作人员。“
